V roku 1990 sa Karate klub Slovšport Trnava osamostatnil od Telovýchovnej jednoty TJ Slovšport Trnava . Ako klub podliehal a členstvom patril do Zväzu karate SÚV ČSZTV. V tom istom roku aj Zväz karate sa stal právnym subjektom a zmenil svoj názov na Slovenský zväz karate a iných bojových umení. V roku 1990 vytvorili niektorí funkcionári a zástupcovia klubov Slovenského zväzu karate novú organizáciu pod názvom Slovenská federácia karate a bojových umení. Náš klub v roku 1990 vstúpil do tejto organizácie, kde predseda nášho klubu Ing. Tibor Mikuš sa stal prezidentom tejto federácie. Klub naďalej zostal členom aj Slovenského zväzu karate a zúčastňoval sa turnajov poriadaných týmto zväzom. Vo vnútornej štruktúre Slovenského zväzu karate nastali rozbroje medzi funkcionármi a vedením zväzu a tak sme boli v roku 2002 vylúčený zo Slovenského zväzu karate ako organizácia disidentská ,ktorá nesmie byť členom WKC pretože ju neuznáva svetová organizácia WKF, ktorej členom je Slovenský zväz karate..
Stále bez prestávok sme ďalej pokračovali v športovej činnosti Slovenskej federácie a zúčastňovali sme sa všetkých súťaží ,seminárov, školení pre ďalšie vzdelávanie a učenie našich členov a pre funkcie potrebné v klube. Naši pretekári Trnavy boli roky na čele reprezentácie Slovenskej federácie karate, kde dosiahli veľa európskych aj svetových ocenení. Ing. Tibor Mikuš na základe svojho pracovného vyťaženia sa časom vzdal funkcie prezidenta Slovenskej federácie karate a bojových umení ,ale klub pokračoval vo svojej športovej a organizačnej činnosti vo federácii ďalej. K vyvrcholeniu nezhôd ohľadom pretekárskych zmlúv medzi funkcionármi a pretekármi federácie a Karate klubu Slovšport prišlo v roku 2005 ,kedy sa výbor klubu rozhodol ukončiť všetku činnosť v Slovenskej federácii karate a po písomnom oznámení výstupu klub dal žiadosť naspäť o vstup do Slovenského zväzu karate, kde sa stal od roku 2005 aktívnym a právoplatným členom .